Το Cave Story σας μεταφέρει σε έναν παράξενο κόσμο όπου ζουν οι Mimigas, περίεργα πλάσματα που μοιάζουν με κουνέλια με φωτεινά μάτια. Η ιστορία ξεκινά με τον ήρωα μας να ξυπνά ξαφνικά σε μια σκοτεινή σπηλιά χωρίς να θυμάται ποιος είναι, από πού προέρχεται, ή πώς κατέληξε σε ένα τόσο παράξενο μέρος. Μετά από μια σύντομη εξερεύνηση, φτάνει τυχαία στο γραφικό χωριό των Mimigas όπου σύντομα ανακαλύπτει ότι η ανέμελη κάποτε φυλή βρίσκεται τώρα σε θανάσιμο κίνδυνο στα χέρια ενός μανιακού επιστήμονα. Γιατί κινδυνεύουν οι Mimigas; Ποιος είναι αυτός ο μοχθηρός επιστήμονας και τι σχεδιάζει; Πώς βρέθηκε εδώ ο ήρωας μας; Οι απαντήσεις σε όλα αυτά τα ερωτήματα καθώς και πολλά άλλα θα έρθουν στο φως καθώς η περιπέτεια του Cave Story ξετυλίγεται! Στην πορεία, ο ήρωας μας θα κάνει νέους φίλους που θα τον βοηθήσουν στο ταξίδι του, θα αντιμετωπίσει επικίνδυνους εχθρούς που φαίνονται να γνωρίζουν περισσότερα για τον εαυτό του απ’ ότι ο ίδιος, και θα συλλέξει φοβερό εξοπλισμό απαραίτητο για την επιβίωσή του!